「鋼の錬金術師（ハガレン）」アニメと漫画・原作にはどんな違いがあるんでしょうか？
アニメ一期は原作の漫画とは全く違う話なんでしょうか？
鋼の錬金術師（ハガレン）アニメと漫画・原作の違いは？
鋼の錬金術師（ハガレン）アニメは
・1期（全51話）：鋼の錬金術師
・2期（全64話）：鋼の錬金術師FULLMETAL ALCHEMIST
があり、
「鋼の錬金術師」はオリジナルストーリー
FULLMETAL ALCHEMIST」は原作に沿ったストーリー
といった違いがあります。
１期は原作が７巻ぐらいまでしかなかったときなので最初からオリジナルエンドのつもりで作ってます
なので原作と根本的な設定が色々と違います
ただ原作のお話も前半部分はかなり取り入れた作品で、原作はそれなりにギャグがある良い意味で「少年漫画」なんですが、2003年版は原作よりも重厚でもっと重苦しいストーリーにするということでした。
そのため原作の話をベースにしながら、序盤からアニメオリジナル設定を細かく入れ込んでいます。
キャラクターに関しても、アニメ設定に沿って性格の変更（原作よりも後ろ向きな性格）され、年齢や地位、事件の起こった時間なども変更されています。
2009年のアニメ2期「鋼の錬金術師FULLMETAL ALCHEMIST」は、原作が最終章に入ったことなどもあり、キャラや設定はほぼ原作通りです。
原作ファンからの「原作のストーリーでの再アニメ化」の要望が多かった事や、原作が最終回に近づいてきた事をうけ、今回制作会社は同じながらも、監督をはじめとした制作スタッフ・キャストのほとんどが一新され、今度は原作に近いストーリーで再び最初からアニメが始まった訳です。
ただ、原作の量が多いのでそっくりそのままアニメ化は難しく、かなり駆け足でストーリーが進んでいるのも事実です。
また、子供に向けたアニメにするとのことで、序盤は１話の中に起承転結（出来るだけ次週に続くにはしない）ようにしたそうです。
原作の設定そのままですので、ストーリーを端折る場合も設定を崩さないよう、原作を知らなければ不自然には思わない程度に変更されています。
鋼の錬金術師（ハガレン）アニメ1期・2期の違いは？
2003年度版と、現在放送中の2009年度版の最大の相違点は、ホムンクルス、錬金術、真理の扉の設定が全く異なること、、と思います。
2003年版のホムンクルスは「人体錬成の失敗作が元になって生まれた」となっています。だから人間に憧れながらも憎んでいます。原作よりも人間に対して卑屈な感じがします。そして設定上「ホムンクルスになる前、人間だった頃の体の一部」が弱点となっています。アニメ化したとき、まだ原作のホムンクルスは全て登場していなかったこと、またホムンクルスの生まれる設定が異なることなどから、ホムンクルスの一部は姿や能力も全く違います。
2009年版は原作設定のまま「賢者の石を核にして作られた」となっています。原作のホムンクルスのように、人を見下し、人よりも上の存在であるような感じがします。特に弱点らしい弱点はなく、賢者の石の力で何度死んでも蘇ります。ただし回数制限があり、その回数を越えてしまうと消滅します。
また、彼らホムンクルスを率いている人物も違います。
2003年版は「ダンテ」というアニメオリジナルの女性です。初登場時は老婆でしたが、途中で「ライラ」という女性の体を乗っ取ってしまいます。「ライラ」もアニメオリジナルキャラで、アニメ序盤の炭坑の町に登場しています。
2009年版は「お父様」と呼ばれる男性です。彼は……説明するとすごく長いですが、エドとアルの父親・ホーエンハイムと非常に深い関係です。
「錬金術」に関しては、2003年版が「異世界で死んだ人間の魂をエネルギー源にしている」「錬金術師は胸に小さな門を持っていて、そこから異世界の魂を引き出している」といった原作にはない設定があります。そもそも「異世界」が原作にはないんですが。この「異世界」は私たちの住む世界（によく似た世界）という設定です。
2009年版は原作の設定と同じです。ただ、原作の錬金術に関しては詳細がまだ不明（とはいえ「お父様」が深く関わっているのは分かっている）なので細かいところは分かりません。
また、2003年版は序盤の炭坑の町で石炭を金メッキにしていましたが、原作は金メッキではありませんでした。（2009年版では後の方でこのあたりの話に少し触れただけ）この違いは、おそらく2003年版が異世界の設定等も含むため、化学元素での錬成のみに絞ったのだと思います。原作は化学元素だけでなく四大元素なども含むので石炭をそのまま金に出来たのだと思います。
その他の違いはキャラクターなどです。
2003年版は序盤からオリジナルキャラも結構多く、原作コミックスには登場しないが、同じ出版社から出ている小説版に登場するキャラをアニメに登場させたりしています。その代わり、原作に登場するシン国のキャラ、北方司令部のキャラは全く登場しません。
エドとアルが母親を錬金術で生き返らせ、失敗してリバンドによりアルの肉体、エドの左足を持っていかれたのは原作そのままです。アニメではその連金術の最中にロイ・マスタング大佐（焔の錬金術師）があらわれてますが、原作ではエドがアルの魂の錬成後アルの手によってピコばあちゃんの家で苦しんでいるときに現れます。ちなみにその時は中佐。さらにアニメではアルとエド二人で国家錬金術師の試験に挑んでますが、原作ではエド一人。
アニメでは最初の１話、２話では錬成陣なしで錬成してその後回想シーンに入り、その時の錬成は錬成陣を使用してますが、原作ではアルの魂錬成時には、錬成陣なしで（両手を合わせて）錬成してます。アニメでは国家錬金術師資格試験の時に始めて自分で錬成しました。
国家錬金術師資格試験を内容が違います。原作はキング・ブラットレイ大総統閣下（軍事最高責任者）じきじきに試験し、閣下の前にて錬成陣なしで槍を錬成、その後閣下に槍を向けてます。
さらにアニメでハクロ将軍の乗った列車がジャックされたときエドはまだ国家錬金術師では無かったけど原作ではすでに国家錬金術師。アニメよりエドの闘いはかっこいいです。
あと、アニメで最近でてきた額にバッテンの傷がある男、名はスカーですがアニメでは最初やさしい性格ですが原作は最初からバンバン錬金術師を狙う暗殺者みたいです。
また、2003年度版にはシン国メンバーは出てきません。また、アームストロング少佐の姉・オリヴィエも出てきません。その代わり、偽物のエルリック兄弟やら、女怪盗サイレーンやらオリジナル設定のキャラがいっぱい出てきます。
2009年版は、逆に原作の登場キャラが多すぎるので、何人か登場しないキャラ（メインではないキャラ）がいます。
ストーリーは、2003年版がトラウマや鬱な展開が多く、2009年版はシリアスになりすぎないようにギャグが入ってきます。
