エヴァンゲリオンの綾波レイの正体は何なのでしょうか？
綾波レイは碇シンジのお母さん・碇ユミのクローン人間なんでしょうか？
綾波レイがクローン人間だとしたら何人もいるんでしょうか？
綾波レイの正体はクローン（碇ユミ・シンジの母）？エヴァンゲリオン
エヴァンゲリオンの綾波レイの正体は碇ユイのクローン（正確にはハイブリッドクローン）です。
クローンとは一つのDNAから作られる複製を指しますが、綾波レイは、碇ユイとアダムの遺伝情報が混ざった存在で肉体については碇ユイのクローンではありません。
初号機に取り込まれた碇ユイのサルベージに失敗し、魂がなくなり、肉体だけになったユイを元につくられたクローンに、第２使徒リリスの魂を入れたものです。
レイの肉体は、スキゾ・パラノという製作側のインタビュー本では、ユイの遺伝子半分とアダムの遺伝子半分と明言されてます。
作中でレイの代わりはいくらでもいると言われていた様に、レイの体は何体も量産されており、肉体が死んでも魂を入れ替えることによって蘇ります。
作中でもリリスの魂を持った三人のレイが登場しています。
一人目のレイは幼少時にリツコの母親ナオコによって殺されました。
二人目は第２３話「涙」で使徒を道連れにして自爆。
しかし上記の方法で魂を入れ替えることによって、すぐに三人目のレイも生まれています。
まず46億年ほど前に、アダムとリリスが地球に落下してきました。
リリスの卵が落下した衝撃で、少し先に来ていたアダムと、アダムが生んだ子（使徒）らは休眠。地球ではリリスの子が育ち繁栄し、その進化の果てに人類が生まれました。
西暦2000年に人類はアダムを発見。科学者らが先導して研究するも、ゼーレの根回しもあってセカンド・インパクトを起こしてアダムは消滅してしまいます。
2001年、アダムを人の手で再生するアダム計画（通称Ｅ計画）が発動。
オリジナルアダムの細胞がある程度培養されるまで、日本にある同種の存在リリスの体細胞を用いて、アダムを改めて造ろうという試みがなされました。しかし造られた肉体には魂が宿らなかったため、人の魂をエントリープラグ経由でリンクさせる計画に変更されます。
2004年には初号実験機が完成。しかしその起動実験で被験者の碇ユイが、肉体と魂とを実験機の中に取り込まれてしまうという事故が発生しました。
2005年、実験機から碇ユイの肉体と魂を引きずり出すサルベージ計画が実行されるも失敗。
しかし碇ユイの面影を持つ少女がこのときサルベージされます。これが後にレイと呼ばれる存在です。この存在は結果的にエヴァと同様“人の造りしもの”でありながら、魂を宿していました。
23話のリツコの説明のところで「みんなサルベージされたものなの」のインパクトが強かったせいか、レイの魂も人為的にリリスから抜き取られたかのような解釈をされることが多いのですが、このとき「サルベージされた」のは魂ではなく肉体の話ですし、レイについては「魂が生まれた」と表現されています。
レイは、この世に生じたその瞬間から魂を宿していたわけです。
その肉体はリリスのコピー体と、碇ユイの肉体とが混ざり合った存在で、魂はリリスのものを宿しています。
定期的に記憶のバックアップを取っていたことからも判るように、魂に記憶は付随しないので、レイにはリリスとしての記憶はありません。
ゲンドウは魂のないアダムの肉体と融合し、さらにリリスと融合することで自ら《神》になろうと考えていました。
リリスと融合するためには、リリスの魂による承認が必要です。そのためにゲンドウはレイを大事に（大事な道具として）育ててきたわけです。
もちろんそこにユイの面影を見出していたのも、大事にしていた理由のひとつですけどね。
ただしＥＯＥのパンフレットには、レイの肉体は、エヴァに取り残された碇ユイをサルベージしたものとあり、ユイが取り込まれたのリリスクローンの初号機です。
よって混入するならばアダムではなくリリスでは？という風になり、先のものと矛盾します。
これは度々議論になりますが、私達ではやはり答えなんか出ません。
ただ他の発言も鑑みると、ユイ以外の遺伝子も混入してるのは間違いないみたいです。
よって綾波レイは、碇ユイ＋アダムorリリスの遺伝子が混入された肉体に、リリスの魂(心)を宿している存在です。
厳密には碇ユイのクローンではありません。
